白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。“虽然不知道你是如何得到那些文字的，但你这样做很危险，尤其是当你得到了‘钥’和‘启’之后。如果你不想继续懵懵懂懂地无限轮回下去，那就尽可能地提升你自己的实力吧。”女尸没有理会他，继续道，“我已经帮你重新封闭了通向那扇大门的道路，你必须要知道，当你望向那扇大门时，他们也在看着你的一举一动。等着你打开那扇大门，然后抢在你的前面，掠夺走里面的一切。”